Nurodyti tikslią Joniškio mokyklos įsteigimo datą labai sunku. Apskritai mokyklos atsiradimas siejamas su XVIII a. Joniškyje įsikūrusiais jėzuitais. 1669 m. sausio 12 d. Vilniaus universiteto jėzuitai nusipirko tuometinės savininkės H.Giedraitytė- Surgaitienė dvarą ir 1726 metasi pastatė pirmąją bažnyčią, prie kurios veikė parapijinė mokykla, tačiau ji atskirų patalpų neturėjo, nes Edukacinė komisija nedavė statybai nei pinigų, nei medienos. 1782 m. vaikus mokė daraktorius Antanas Šamborskis. XVII a. pab. Mokykla sunyko. 1819 m. įsteigta valdinė mokykla.

Nepriklausomos Lietuvos laikotarpiu pradinė mokykla Joniškyje įkurta 1924 metais. Apie 1930-1933 metus jai pastatytas tipinis medinis pastatas šiaurinėje miestelio dalyje. 1936 m. Šešių skyrių mokyklai vadovavo vedėjas Saladžius. Pradinukus (1-4 skyrių) mokė mokytoja Apolonija Urbonaitė-Žilėnienė. Mokytojai mirus, ją pakeitė mokytoja Bernotienė.

Tarpukario Lietuvoje, Joniškio mokyklos mokytojams dirbti pedagoginį darbą buvo labai sudėtinga. Krašto žmonės labai sulenkėję. Valstiečiai kalbėjo “tuteišių” kalba, daugumas buvo beraščiai arba mažaraščiai “prie caro” baigę vieną kitą parapijinės mokyklos klasę. Mokytojų tiksas buvo išmokyti vaikus, o per juos ir tėvus lietuvių kalbos. Entuziazmas buvo didelis ir vaikai ir jų tėvai greitai pramoko lietuvių kalbą. Padėjo laikraštis “Ūkininko patarėjas” ir jo priedas “Jaunasis ūkininkas”. Didelės įtakos, atkuriant lietuvybę Joniškio parapijoje, turėjo bažnyčios klebonas Antanas Mažeika, kurį 1945 m. sovietai nuteisė ir ištrėmė. Įkurta Joniškyje biblioteka taip pat padėjo ir skatino plisti lietuviškam žodžiui.

Nepriklausomos Lietuvos laikais mokinius šelpė valstybė. Neturtingieji gaudavo sąsiuvinių, pieštukų, net siūlų ir drobės. Vadovėlius, pasibaigus mokslo metams, reikėdavo palikti mokykloje.

Mokyklos vadovai stengėsi, kad kaimo vaikai mokytųsi ir kasdienių valstiečiui būdingų darbų. Įkuriamas “Jaunųjų ūkininkų” būrelis. Prie mokyklos išskiriamas žemės plotelis, kuriame būrelio nariai gavo po kelis kvadratinius metrus lysves, juose buvo auginami augalai, kurių vietiniai valstiečiai neaugino ar net nežinojo tokių esant. Per šio būrelio veiklą ūkininkų sodybose atsirado baltieji ir juodieji serbentai, pomidorai ir daug dar naujų kultūrų.

Prie mokyklos, beveik kas met rudenį vyko vaikų ir jų tėvų užaugintų žemės ūkio kultūrų paroda. Tai buvo tikrai reikšmingas įvykis, paskatinęs plisti naujoms kultūromas ir jų veislėms ūkininkų tarpe. Šią gražią tradiciją nutraukė prasidėjęs karas.

1940 m.Tarybų sąjungai okupavus Lietuvą, 1940-1941 m. mokykloje įvesta rusų kalba kaip užsienio kalba. Mokytoja Pilyponienė mokydavo rusiškai skaityti, subūrė chorą, kūrė pionierių organizaciją. Prieškario laikotarpiu Joniškio mokykloje mokėsi žinomų žmonių: kompozitorius, LMTA (Lietuvos muzikos ir teatro akademija) Muzikos teorijos katedros profesorius Vaclovas Paketūras (mokėsi 1935-1941m.), gydytoja Zuzana Jusytė-Papirtienė, gydytojas – chirurgas onkologas habl. dr., Vytauto Didžiojo universiteto profesorius Eugenijus Katinas (1929 – 1994 m.), fotografas Eugenijus Danilevičius ir kt.

1941-1943 vokiečių okupacijos metais mokykloje rusų kalba pakeista į vokiečių. Vokiškai mokė iš Tauragės atvykusi mokytoja p. Domantienė.
Pokario metais Joniškis (1944-1950 m.) buvo valsčiaus centras. Apie 1944 – 1945 m. Joniškio septynmetėje mokykloje buvo mokoma lenkų kalba, mokytojavo Lavrinovič, Pleškun ir Pukėnas. Šie žmonės norėjo, kad Joniškyje būtų lenkiška mokykla. Kai kurie tėvai tam pritarė, todėl po karo miestelyje atidaryta lenkiška mokykla, kurios vedėju tapo Lavrinovič. Pleškun dėstė 1 ir 3 klasėms, Pukėnas – 2 ir 4.

Po karo mokyklos pastatas liko labai suniokotas. Pirmoji 1945 metų rugsėjo savaitė praėjo tvarkantis. Nebuvo jokių valytojų, todėl viską tvarkė, plovė patys vaikai; tėvai įstiklino langus, sukalė suolus. Apie 1947-1948 metus visi trys Joniškio mokyklos mokytojai išvyko į Lenkiją.
Apie 1948 m. į miestelį atvažiavo mokytojas Algirdas Daubaras ir pradinėse klasėse ėmė mokyti lietuviškai. Nuo 1949 m. Joniškio mokykloje direktoriumi dirbo Stasys Šepetys. 1-4 klasių mokiniai mokėsi lietuvių kalba, o 5-7 – lenkų.

Nuo 1950 m. Vilnijos krašte buvo steigiamos lenkiškos mokyklos. 1955 m. LTSR švietimo ministerijos inspektoriaus Jakovo Cukerzio iniciatyva Joniškio septynmetėje mokykloje imta dėstyti lenkų kalba. Tačiau nuo 1956 spalio tėvų (Klimų ir Juknevičių) prašymu atkurta lietuviška mokykla.
Nuo 1957 metų septynmetėje Joniškio mokykloje atidaryta aštunta klasė. Kasmet augdama, 1960 metais mokykla išleido pirmąją abiturientų laidą. 1963 metais prie mokyklos pristatytas mūrinis priestatas , kuriame tilpo penkios klasės ir maža sporto salė.

1985 m. rugsėjo pirmąją Joniškyje duris atvėrė nauja 392 vietų vidurinė mokykla su vidiniu, daugiau kaip 200 vietų turinčiu kiemeliu – amfiteatru, tuo metu vienintelė respublikoje pastatyta pagal individualų projektą.

2009 metais paminėtas simbolinis vidurinės mokyklos vardo jubiliejus: 1959 m., atsiradus pirmajai abiturientų klasei, Joniškio mokykla įgavo vidurinės mokyklos statusą.

2013 m. iš Joniškio mokyklos išėjo paskutinė, 54-oji, abiturientų laida ir nuo 2013 m. rugsėjo 1 d. mokykla tapo pagrindine, o pasibaigus dalies pastato renovacijai, 2014 m. sausio 1 d. pavadinta Joniškio mokykla-daugiafunkciu centru.

2012-2014 m.m. mokyklos patalpose mokėsi Alantos technologijų ir verslo mokyklos suaugusiųjų skyriaus klasė (atestatai įteikti 18-ai abiturientų).

Per 50 metų Joniškio vidurinėje mokykloje išduota 770 brandos atestatų. Šios mokyklos mokiniais buvo: garsus Lietuvos chirurgas onkologas, habilituotas biomedicinos mokslų daktaras Eugenijus Katinas, jo klasės draugas kompozitorius, LMTA profesorius Vaclovas Paketūras; kraštotyrininkas, biografas ir fotografas Eugenijus Danilevičius; farmacininkas, LSMU docentas daktaras Rimantas Klimas; technikos mokslų daktaras, Lietuvos kūno kultūros akademijos informatikos ir kalbų katedros docentas Kazimieras Pukėnas; mokslininkas, VGTU Matematinio modeliavimo katedros docentas Mečislavas Meilūnas; humanitarinių mokslų habilituota daktarė, Lietuvos kultūros tyrimų instituto vyresnioji mokslo darbuotoja Henryka Ilgievič; VUL Santariškių klinikų Ausų, nosies ir gerklės ligų centro ir VU MF Ausų, nosies, gerklės ir akių ligų klinikos vadovas, gydytojas otorinolaringologas, otochirurgas, profesorius Eugenijus Lesinskas; poetas, prozininkas, dramaturgas ir režisierius Mindaugas Valiukas ir kt.

1978 m. mokyklą baigė didžiausia, 30 abiturientų laida, 1993 m. – mažiausia laida (3 mokiniai).

Šios mokyklos direktoriai:

1949 m. Stasys Šepetys
1956 m. Jonas Burokas
1958 m. Bronius Dulevičius
1964 m. Vytautas Bernotas
1965 m. Juozas Stankaitis
1968 m. Andrius Lesinskas
1979 m. Ona Sadūnienė
1985 m. Virgilijus Kalinauskas
1994 m. Janina Girulskienė